Лимит использования CPU считается в часах процессорного времени (подсчет ведется на основе функционала ядра ОС, а именно kernel process accounting) за последние 30 дней или календарный месяц, автоматическая блокировка происходит после 3х предупреждений о превышение лимита если пользователь не реагирует на наши сообщения.

В isp manager можно посмотреть текущий расход, в сек.

Системный аккаунтинг - функциональная возможность ядра операционной системы (Linux/FreeBSD) производить учет потребленных ресурсов каждым запущенным в системе процессом. Для этого ядро для каждого запущенного процесса в системе в момент его завершения записывает в служебный файл (pacct) информацию о том, кем был процесс запущен, с каким кодом завершен, сколько процессорного времени потратил, сколько операций ввода/вывода сделал и т.д. (подробнее см. man 5 acct). Таким образом, с помощью системного аккаунтинга становится возможным производить подсчет использованных ресурсов сервера тем или иным пользователем. 

ISPmanager поддерживает учет следующих ресурсов:
средний расход оперативной памяти;
пользовательское и системной время CPU;
общее время работы программы;
количество операции ввода/вывода. 

user_time - затраченное процессорное время в режиме пользователя (сек),
system_time - затраченное процессорное время в режиме ядра (сек),
elapsed_time - суммарное время, прошедшее от старта процессов до их завершения (сек),
average_mem - средний расход оперативной памяти (КБ),
io - количество операции ввода-вывода (шт.).